Osmanlı Devleti’nin savaşa katılması üzerine Ruslar 1 Kasım 1914’te Kuzey-Doğu Anadolu’yu işgal etmek için harekete geçtiler. Doğu cephesinde üstünlüğü ele geçiren Ruslar Anadolu şehirlerini tek tek işgal etmeye başladılar. Van’daki Ermeniler 15 Nisan 1915’te Müslümanlara karşı mücadeleye başladı. Bu sırada Osmanlı Devleti başka cephelerde İtilaf Devletleri ile mücadele ediyordu. Ermeniler açısından isyan için uygun bir dönemdi. Türklerin 17 Mayıs 1915’te şehri boşaltması üzerine Ermeniler Van’ı ele geçirip yaktılar. Bunun akabinde Ruslar kolayca Van’a kadar ilerleyip burayı da işgal ettiler.

Bölgedeki en önemli milis güçlerinden biri olan Bediüzzaman Hazretleri, talebeleri ile birlikte I. Dünya Savaşı patlak verdikten sonra Sarıkamış Harekatına vaiz olarak katılmış ve yenilginin ardından, Erzurum Pasinler’de, fırka kumandanının hayranlıkla takdir ettikleri cihat hizmetini yaptıktan sonra, taarruzun başarısızlıkla neticelenmesi ve her iki ordunun da eski sınırlarına çekilmesi üzerine Van’a döndü.

Rusların, Ermenilerin desteği ile yürüttükleri şiddetli saldırılar sonrası Van cephesinin çökmesi üzerine Van’ın tahliyesi gündeme geldi. Molla Said Van kalesine çekilmek ve talebeleri ile birlikte şehit oluncaya kadar Rus ve Ermeni saldırılarına direnmek fikrindeydi. Burada, talebeleri ile beraber Van kalesini kat’i savunmaya karar verdiği halde Van Valisi Cevdet Bey’in -bölgedeki Türk askerlerin Bitlis’e çekilmesi ve Rusların kalabalık olmasından dolayı- ısrarları üzerine, Van’ın bir kazası olan Vatsan(Gevaş)’a çekildi. Vali, kaymakam, ahali ve askerler Vatsan’a sınır olan Bitlis tarafına çekilirken, Rus ordusunda bulunan bir alay düşman atlıları Vatsan üzerine hücum etmişti.

O günlerde Ruslar ve Ermeniler, önlerine gelen her tarafı yakıp yıkıyorlardı. Yurtlarını terk etmeyi başaramayan hasta, yaşlı, kadın ve çocuklara işkenceler ediyor, bir kısmını da derelere ve kuyulara atıyorlardı. Ellerindeki kasaturalarla kızların ve kadınların kollarını kesiyor, sonra bilezik ve yüzüklerini çıkarıyor ve çok vahşice zulümlerde bulunuyorlardı.

Molla Said ise savunmasız olan Van’daki ahalinin şehri terk edebilmesi, mal ve çoluk çocuklarının düşman eline geçmemesi için Gevaş’ta otuz-kırk kadar asker ve bir kısım talebeleriyle Rus öncü birliği olan bir alay Rus Kazak süvarilerine karşı mücadele etti. Böylece halkın şehri terk edebilmesi için zaman kazandırmış oldu.

Taktik savaşlarıyla¹ Rus Kazaklarının korkmasını sağlayan Molla Said ve talebeleri, Vatsan bölgesinde Rus istilasının gecikmesinde etkin rol oynamış oldu.

Said Nursi Hazretleri, savaş cephesinde silahlı mücadele verirken, İslam’ın savaş hukukunu tatbik ederek düşmanın çoluk çocuğuna dokunmamış hatta onları muhafaza etmişti. Savaş sırasında Ermeniler, bazı yerlerde çocukları öldürüyorlardı. Buna karşın Ermenilerin çocukları da bazen öldürülüyordu. Molla Said'in de bulunduğu nahiyeye binlerle Ermeni çocuğu toplanmıştı. Molla Said askerlere, "Bunlara ilişmeyiniz!" diyerek onların serbest kalmalarına ve ailelerinin yanlarına dönmelerine imkân sağladı. İslam ahlakının yansıması olan bu durum Ermeniler açısından büyük tesir uyandırmış ve bazı Ermeni komite reisleri "Madem Molla Said bizim çoluk çocuklarımızı kesmedi, bize teslim etti, biz de bundan sonra Müslüman çocuklarını kesmeyeceğiz" diye ahdettiler. Böylece o havalideki binlerce masum çocuk felaketten kurtulmuş oldu.

Molla Said Vatsan (Gevaş) savunmasında halkın can, mal ve namus güvenliği için mücadele vermiş ve bu cephede yirmi talebesini ve "İşaratü’l-İ’caz" tefsirinin katibi Molla Habib’i² şehit vermiştir.³